Der prächtig gefärbte Eisvogel Alcedo atthis kommt an der weitgehend unverbauten Rot, aber auch an unverbauten Stellen entlang der Pfaffnern vor. Dynamische Fliessgewässer sind für diese Art das A und O, denn der Eisvogel gräbt in von Hochwasser angerissene Steilufer seine Brutröhre. Sehr wichtig ist, dass diese Brutgebiete nicht besucht werden. Denn diese gefährdete Art ist sehr scheu ist und wird daher rasch aus dem Gebiet vertrieben. Zudem braucht die Art kleine Fische und grössere Wasserinsekten als Nahrung. Nur naturnahe, sehr saubere, möglichst nicht mit Dünger und Pestiziden belastete Gewässer ermöglichen wieder eine entsprechend grosse Fischarten- und Kleintiervielfalt.

Seit ein paar Jahren sind entlang der Rot immer mehr Menschen unterwegs und Hunde werden zu wenig an der Leine geführt. So findet der Eisvogel nur noch selten ungestörte Brutplätze. Der Verein hat daher als Entlastung mit verschiedenen Landeigentümern Gebiete so aufgewertet, dass man dort die Natur geniessen und den Eisvogel, ohne ihn zu stören, mit etwas Glück beobachten kann. Zusammen mit dem Verein Karpfen pur Natur werden in den nächsten Jahren weitere solche Naturerlebnisorte geschaffen. Am regelmässigsten kann der Eisvogel am Äschweiher bei Ludligen entdeckt werden, wenn er dort junge Kärpfli oder Libellenlarven stibitzt. Meist verrät er sich dem Naturinteressierten jedoch durch seine durchdringenden Pfiffe, etwa wenn man die Rot auf dem Rundweg Altbüron-Melchnau quert oder auf dem Wanderweg an der Murgmündung der Aare entlang spaziert.